Ich verstehe noch nicht so ganz genau was du tatsächlich gemacht hast bzw. warum deine Unterkonten nicht mehr angezeigt werden. Aber mal zu Backup, optionaler Passphrase und Unterkonten:
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Das Backup läuft immer nur über die 24 Wörter. Die optionale Passphrase ist für das Backup irrelevant.
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Mit der optionalen Passphrase entsteht eine komplett neue Wallet, welche völlig unabhängig von der Wallet ohne o.P. ist. Neue Adressen und neue Unterkonten. Jede Passsphrase ist bei der Anmeldung gültig, und erzeugt eine zugehörige Wallet. Wenn du das Feld einfach leer lässt und bestätigst, kommst du in deine ursprüngliche Wallet ohne optionale Passphrase.
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Unterkonten werden je Wallet einfach der Reihe nach durchnummeriert, die Namen kann man in der BitBox App willkürlich vergeben und auch bei der Wiederherstellung anders wählen. Sollten dir Unterkonten fehlen, lege einfach neue an. Die Zuordnung wirst du aber selbst rausfinden müssen, da sie wie schon geschrieben, einfach nur durchgezählt werden und die Namen willkürlich sein können. Wenn du wirklich nicht mehr weißt, für wen du in welcher Reihenfolge Unterkonten angelegt hast, wirds schwierig mit der Zuordnung.
Da alles aus den 24 Wörtern abgeleitet wird, war das zweite Backup unnötig.
Ich empfehle, Unterkonten klar zu benennen und ggf. auch separat zu dokumentieren (Reihenfolge bzw. Zählnummer hinzufügen). Insbesondere wenn man mit mehreren BitBoxen, Mnemonic Seeds oder Passphrasen hantiert. Man sollte stets nachvollziehen können, welche Konten wozu gehören und wofür sie sind.
Hier noch ein paar Links zum besseren Verständnis.
Ich empfehle dir auch, die Shiftcrypto Hilfeseiten zur BitBox02 durchzusehen. Danach brauchts eigentlich keinen Support mehr 