Wenn man über die BitBoxApp die optionale Passphrase aktiviert, ist das eine Einstellung am Gerät. Die BitBox02 merkt sich das also und fragt unabhängig von der verwendeten Software beim Entsperren nach der optionalen Passphrase.
Bei der Sparrow Wallet muss man deshalb, wie du schon richtig gesagt hast, für jede Passphrase eine „neue Wallet“ erstellen, da die Sparrow Wallet von der verwendeten Passphrase schließlich gar nichts mitbekommt.
Der im BIP-39 definierte Seed ergibt sich erst durch die optionale Passphrase und es wird nichts verschlüsselt. Ich würde immer eindeutig von der Seedphrase oder bestenfalls gleich der Mnemonic sprechen, damit diese Verwirrung erst gar nicht zustande kommt. 
Du meinst natürlich das Richtige, da man effektiv durch die Verwendung einer optionalen Passphrase von einer Verschlüsselung der Mnemonic sprechen kann, technisch ist es aber einfach eine Verlängerung des Eingabewerts in die Ableitungsfunktion.
Schaust du am besten hier rein: