Du richtest deine BitBox02 einfach mit deinen selbst gewürfelten Wörtern neu ein, wie auch im Blog-Beitrag erklärt:
Wenn du dann in deiner neuen Wallet gelandet bist, lässt du dir eine Adresse anzeigen, verifizierst sie auf dem Display der BitBox und speicherst sie dir irgendwo. Dann musst du wieder zurücksetzen und mit deinen alten 24 Wörtern wiederherstellen, um deine Bitcoin mit einer Transaktion auf die neue Wallet zu schicken. Abschließend dann nochmal zurücksetzen, und wieder mit dem neuen Backup wiederherstellen. 
Das mag etwas umständlich wirken, sollte mit den Backups auf der microSD-Karte aber recht zügig gehen. Du kannst jedenfalls deine 24 Wörter nicht wortwörtlich „ändern“, sondern nur wechseln – was grundsätzlich mit einer Bitcoin-Transaktion verbunden ist.
Allgemein zum Thema „Roll your own seed“ ist dieser Thread vielleicht interessant: