Ziemlich wahrscheinlich wurde die verschwundene Transaktion aus dem Mempool gelöscht. Die Börse hat da vielleicht eine zu geringe Fee berechnet und mitgegeben die dann nach Einbruch der Hashrate einfach zu gering war um jemals die Transaktion durchzubekommen.
Die Börse muss dir die Bitcoins natürlich dann wieder gutschreiben oder die Transaktion mit RBF wiederholen. Solange nicht Kraken eine der Börsen ist, da kannste beim Support erstmal 1 - 2 Monate auf eine Antwort warten.
Es waren ja 2 verschiedene Überweisungen mit vermutlich unterschiedlichen Beträgen. Daran lässt sich der Börse doch nachweisen, dass die Auszahlung nicht angekommen ist. Das da noch eine andere Zahlung eingegangen ist, ist dabei ja unerheblich.
Update:
Hab jetzt mal auf dem Desktop reingeschaut.
Interessanterweise wird die Transaction dort als Received angegeben, allerdings immer noch als noch Not Confirmed.
Kann passieren, jede Node hat ihren Mempool. Wenn die Node von Ledger die Transaktion aus dem Pool schmeißt verschwindet sie in deiner Transaktionsliste. Kommt die Transaktion (von einer anderen Node) wieder in den Mempool der Ledgernode zurück, dann siehst du sie wieder. Das kann also bis zur Bestätigung sogar noch mehrmals passieren.
Wenn die Transaktion wirklich im Mempool feststeckt hast du (falls du diese schnell erhalten willst und nicht warten willst) mehrere möglichkeiten.
Rebroadcast in den mempool falls sie auf einigen nodes gelöscht ist, z.b. ViaBTC | Transaction Accelerator (kostenlos, aber bringt vermutlich auch nichts)
Direkte Fee erhöhung über obigen Link (habe ich noch nie gemacht).
Oder „Child Pays for Parent“, also eine Transaktion an dich selber machen welche die utxo benutzt die hängt. Dabei wird die durchschnittliche fee beider transaktionen benutzt. Dadurch muss die zweite Transaktion eine höhere fee haben.